Prover som ska analyseras för covid-19

Snart kan Region Skånes labb kartlägga coronaviruset

Region Skånes labb inleder nästa vecka helgenomsekvensering av coronavirus i positiva provsvar för att kartlägga vilka virusvarianter som finns i omlopp. Kartläggningen syftar även till att följa pandemins utveckling när fler blir vaccinerade.

Arbetet med att kartlägga vilka varianter av coronaviruset (SARS-CoV-2) som finns i Skåne – och i Sverige – trappas upp. Folkhälsomyndigheten har ökat sin målsättning till att tio procent av alla positiva prover ska helgenomsekvenseras. Även Smittskydd Skåne ser ett ökat behov av typning.

Kompetensen finns i Skåne

Laboratoriemedicin i Region Skåne är ett av få regionala laboratorier i landet som har kompetens att genomföra denna form av typning i större skala. Analysen innebär en sekvensering av virusets kompletta arvsmassa, så att man kan jämföra virus med varandra och med kända varianter av viruset.

– Utmaningen är att på relativt kort tid bygga upp tillräcklig analyskapacitet. Det finns ett stort behov av typning. Förutom en bred kartläggning av vilka varianter som cirkulerar, förväntar vi oss också mer specifika frågeställningar, säger Sofia Gruvberger Saal, sektionschef vid CMD, Centrum för molekylär diagnostik.

Arbetet beräknas vara igång nästa vecka och projektet är ett samarbete mellan CMD inom Klinisk genetik och patologi och Molekylärbiologiska enheten inom Klinisk mikrobiologi och vårdhygien.  

Fakta: Kartläggning av virus

  • Prover som sekvenseras är ett urval av positiva prov i rutinprovflödet, prov från större utbrott och från hemvändande resenärer samt alla virusfynd i samband med vaccingenombrott och återinsjuknande. Vaccingenombrott betyder att någon som fått vaccinet ändå får sjukdomen.
  • Positiva provsvar från självtester, som analyseras av externa labb, ingår inte i kartläggningen. Dessa sekvenseras av det externa laboratoriet.
  • Kartläggningen görs också för att säkerställa att de test som används fortfarande fungerar samt för att övervaka uppkomst av vaccinresistenta varianter.
  • CMD står för preparation och sekvensering av virus-RNA samt bioinformatisk bearbetning. Arbetet utförs i CMD:s laboratorium och av CMD:s bioinformatiker.
  • Klinisk mikrobiologi står för provurval och tillhandahåller provmaterialet, vilket innebär att virus-RNA från positiva prover extraheras och renas. Klinisk mikrobiologi svarar även för återrapporteringen till bland annat Folkhälsomyndigheten.