Sekvensering av SARS-CoV-2

Sekvensering av virusprover

Sedan vecka 2 år 2021 sekvenseras ett antal av Region Skånes positiva prover som tas för pågående infektion av covid-19. Sekvensering innebär att man i ett laboratorium analyserar varje virusprovs genetiska sammansättning. Syftet med sekvenseringen är att upptäcka och följa uppkomsten nya varianter som kan vara mer smittsamma eller mer motståndskraftiga mot vaccin.

Det finns en stor mängd olika varianter av det virus som orsakar covid-19, SARS-CoV-2. De flesta varianter gör ingen skillnad för smittspridning eller sjukdom, men några varianter verkar leda till större smittspridning.

Grafen nedan följer förekomsten av de tre vanligaste varianterna av SARS-CoV-2 i Skåne i början av år 2021 (det gäller varianten B.1.177, varianten B.1.221 och varianten B.1.160), samt uppkomsten av varianten B.1.1.7 (även kallad den brittiska varianten) och varianten B.1.351 (även kallad den sydafrikanska varianten).

Minst 10 % av Skånes positiva provsvar sekvenseras varje vecka. Dessa sekvenseringar placeras sedan på den vecka som själva svalgprovet utfördes.

Generellt kan sägas att omkring 10 % av de positiva provsvar som främst konstateras på sjukhus i Skåne, samt de egenprovtagningar som hämtas ut från apotek sekvenseras lokalt i Skåne. Resultatet av dessa sekvenseringar presenteras varje vecka inom en vecka från att sekvenseringarna utfördes.

Därutöver sekvenseras minst 10 % av positiva provsvar som konstateras genom de egenprovtagningar som görs genom drive-in i ett laboratorium i Tyskland, men dessa dras med flera veckors eftersläpning. Uppgifterna för de olika veckorna kommer därför att uppdateras i efterhand, allt eftersom resultaten av sekvenseringarna ställs samman.